Antes de la llegada de los españoles, Tosagua fue asentamiento de la tribu Tosahua, grupo que estaba integrado por hombres humildes, sencillos, pacíficos y trabajadores. Estos indígenas hicieron producir la tierra y entre otras actividades se dedicaban a la pesca, la caza y el comercio, que lo ejercieron posiblemente con otras parcialidades indígenas como Ñausas, Chonanas, Chunos, Apedigues, Pinchotas, Pinpiguasies, Mantas y Caniloas. 

En 1534, como consecuencia de la conquista española, llegó a Manabí el Gobernador de Guatemala Pedro de Alvarado, y de tránsito al Reino de Quito dejó en tierra de los Tosahuas a Luis Moscoso, uno de los lugartenientes, se quedaron con él, aproximadamente 30 españoles y varias docenas de indios centroamericanos. En 1627, durante pleno coloniaje español, los principales habitantes del lugar cambiaron el vocablo H por G, y Tosahua pasó a llamarse Tosagua.

Tosagua fue elevada a parroquia eclesiástica, el 8 de diciembre de 1628, luego de pedido que hiciera Manuel Alonso Vera, Efraín de la Vega y Crisanto Marcillo, habitantes de esa época. Desde el 2 de agosto de 1822, Tosagua fue parroquia civil perteneciente a Montecristi, cinco años más tarde, por disposición del Congreso de Bogotá pasó a formar parte del Cantón Portoviejo, veinticinco años después con la creación del cantón Rocafuerte, pasa como parroquia al nuevo cantón. El 20 de enero de 1984, en el gobierno del Doctor Oswaldo Hurtado, se logra la cantonización, luego de varios intentos fallidos.